Иногда говорят, что Пуэрто-Рико имеет европейское (испанское) большинство, почти исчезнувшую популяцию американских индейцев, популяцию смешанных рас, африканцев и маленькое азиатское меньшинство. Анализ крови и белков показал, что население Пуэрто-Рико на 45 % состоит из европейской расы, 37 % африканской и 18 % индейской. Более поздний анализ митохондриальной ДНК, взятый у 800 человек, обнаружил мтДНК американских индейцев у 61,1 % жителей, мтДНК африканцев у 26,4 % жителей и мтДНК белой расы у 12,5 % жителей Пуэрто-Рико.

В 1800-е годы сотни корсиканцев, французов, ливанцев, китайцев и португальцев, наряду с большим количеством иммигрантов из Испании, Канарских островов и других испанских колоний в Южной Америке переехали в Пуэрто-Рико. После Декрета 1815 года, позволившего иностранцам селиться в Пуэрто-Рико, в страну прибыли тысячи иммигрантов со всей Европы. Массовая иммиграция в XIX веке привела к тому, что население острова увеличилось с 155 000 в 1800 году до почти миллиона в конце века. Перепись населения, проводимая в соответствии с королевским декретом 30 сентября 1858 года, даёт следующую следующую картину населения того времени: белое население — 300 430 человек, свободное цветное население — 341 015, рабы — 41 736, неопределено — 127 человек. Позднее Пуэрто-Рико стало постоянным домом для более 100 000 иммигрантов, приехавшим не только из Испании, но также из стран Латинской Америки. В страну въехали выходцы из Аргентины, Кубы, Доминиканской республики, Колумбии и Венесуэлы. Большое разнообразие фамилий также даёт представление о различном происхождении. Эмиграция из страны также стала неотъемлимой частью недавней истории Пуэрто-Рико. После окончания Второй мировой войны вследствие бедности, дешёвых авиабилетов и поддержке правительства острова, волны эмиграции двинулись в США, особенно в Нью-Йорк, Чикаго, Бостон, Орландо, Тампу и Хартфорд.

Эмиграция продолжалась даже после того, как экономика улучшилась, а рождаемость упала. Она продолжается и в настоящее время, и в совокупности с падением рождаемости, в ближайшие 20 лет может привести к быстрому старению населения и его уменьшению. 

В 2000 году состоялась перепись населения, в которой пуэрториканцев спрашивали, к какой расе они причисляют сами себя. 95,8 % назвали только одну расу: 80,5 % причислили себя к белым, 8 % к чёрным и 0,4 % описали себя как представителей индейской расы . Одной из проблем современного Пуэрто-Рико является высокий уровень бедности — 50 % населения живёт за её чертой.